负责人：Николаев Николай Иванович(Nikolay Ivanovich Nikolaev,尼古拉耶夫·尼古拉·伊万诺维奇)，技术科学博士、教授；Дементьев Анатолий Алексеевич(Dementyev Anatoly Alekseevich，杰门捷夫·阿纳托利·阿列克谢维奇)，技术科学博士。

生态工程学部致力于运用物种共生与物质循环再生原理，发挥资源的生产潜力，采用分层多级系统的整合工程技术，在系统范围内同步获取较高的经济、生态和社会效益。以自然生态中的整体、协同、循环、自生原理为基础，运用系统工程方法分析、设计、规划和调控人工生态系统的结构要素、工艺流程、信息反馈关系及控制机构，疏通物质、能量、信息流通渠道，开拓未被有效利用的生态位，使人与自然双向受益。生态工程是对传统工程的补充，是自然生态系统的一个分支。

生态工程学部较全面、系统地研究生态工程及相应技术，包括生态工程学原理、发展历史与主要理论，生态工程的设计理论与方法，农业、工业、环境、景观、湿地、城市及园林建设中生态工程的理论应用和相应的技术配套体系，现代高新技术在生态工程学领域中的应用等。