科学院在俄罗斯境内外均设有办事处和分支机构。

境内分支机构：

远东分部（马加丹）—负责人 蒂赫梅涅夫·叶夫根尼·亚历山德罗维奇，博士，副教授，高级研究员，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

伊尔库茨克分部—负责人 伊丽莎白·列梅舍夫·斯卡娅，博士，副教授，俄罗斯国际科学院生态安全院士。

库尔斯基分部—负责人 科列涅夫斯基·尼古拉·阿列克谢耶维奇，博士，教授，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

塞瓦斯托波尔分部—负责人 阿基莫夫亚历山大·米哈伊洛维奇，博士，教授，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

莫斯科分部—负责人 亚历山大·韦尔扎斯基，采矿工程师，博士，教授，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

利佩茨克地区分部—负责人沃罗帕耶娃·纳德日达·列奥尼多夫娜，医学博士，教授，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

莫斯科老奥斯科尔分公司—负责人 爱德华·默克，博士，教授，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

新西伯利亚分院—负责人 尤苏波夫·塔尔加特，博士，教授，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

奥伦堡分部—负责人 彼得·潘克拉季耶夫，博士，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

鄂木斯克分部—负责人列奥尼德·利沃维奇·舒尔金，医学博士，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

斯维尔德洛夫斯克地区分部—负责人 塞米亚奇科夫·亚历山大·伊万诺维奇，博士，教授，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

境外中心：

阿布哈兹中心—负责人 马科利娅·阿纳托利·伊万诺维奇，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

保加利亚中心—负责人 克里斯托·斯托亚诺夫，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

越南中心—负责人 阮成勇，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

以色列中心—负责人 沙皮罗·谢苗·米哈伊洛维奇，俄罗斯国际生态安全科学院院士。

哈萨克斯坦中心——费奥多罗夫·赫尔曼·瓦西里耶维奇，俄罗斯国际生态安全科学院院士。